Sự thống trị của người Ả Rập bỗng chợt kết thúc vào giữa thế kỷ XI với sự xuất hiện của người Thổ Seljuk, di cư tới từ những vùng đất quê hương của họ ở Trung Á, họ chinh phục Ba Tư, Iraq (chiếm Bagdad năm 1055), Syria, Palestine và Hejaz, đánh bại người Byzantines tại Trận Manzikert và chinh phục Tiểu Á. Ai Cập, khi ấy dưới thời các khalip nhà Fatima được yên ổn mãi tới năm 1169, khi tới lượt nó cũng rơi vào tay người Thổ Nhĩ Kỳ. Người Seljuk đã cai trị hầu như cả vùng này trong gần 200 năm sau đó, nhưng đế chế của họ đã nhanh chóng tan rã thành nhiều vương quốc nhỏ hơn - tiêu biểu là vương quốc Seljuk ở Rum.

Sự phân rã này của khu vực khiến người Thiên chúa ở phía tây, vốn từ thời tăm tối nhất của mình ở thế kỷ thứ VII đã tiến hành một chương trình phục hồi kinh tế và nhân khẩu rất đáng chú ý, trở lại nắm ưu thế trong vùng. Năm 1095 Giáo hoàng Urban II kêu gọi giới quý tộc châu Âu tái chiếm vùng Đất thánh cho Thiên chúa giáo, và vào năm 1099 các hiệp sĩ của cuộc Thập tự chinh thứ nhất đã chiếm Jerusalem. Họ thành lập ra Vương quốc Jerusalem, tồn tại tới tận năm 1187, khi Saladin tái chiếm thành phố. Các khu thái ấp thập tự chinh nhỏ hơn tồn tại tới tận năm 1291. Những chiến binh Thập tự chinh đã không thể thiết lập sự hiện diện thường trực của họ trong vùng, chủ yếu bởi vì họ không thể thu hút những người nhập cư từ châu Âu khi cơn bốc đồng cho cuộc Thập tự chinh ban đầu đã tan biến.

Đầu thế kỷ XIII các sultan nhà Ayyub đã tái chiếm quyền kiểm soát Ai Cập và Syria từ tay người Thổ Nhĩ Kỳ, nhưng cuộc hồi sinh của người Ả Rập không kéo dài. Một làn sóng những kẻ xâm lược mới - Đế chế Mông Cổ, tràn qua cả khu vực, cướp bóc Bagdad năm 1258 và tiến sâu về phía nam tới tận biên giới Ai Cập. Tuy nhiên, người Mông Cổ không xây dựng nên các đế chế, và tới giữa thế kỷ XIV họ đã rời khỏi vùng này. Khi bừng tỉnh, các sultan nhà Mamluk người Thổ tại Ai Cập đã tái chiếm quyền kiểm soát Palestine và Syria, trong khi các sultan khác kiểm soát Iraq và Tiểu Á. Người Ả Rập chỉ có toàn quyền Bán đảo Ả Rập. Sau khi Bagdad rơi vào tay quân Mông của Húc Liệt Ngột, sultan Ai Cập cho rước một hậu duệ của nhà Abbas về tôn làm khalip ở Cairo.